PKSPL IPB merupakan penggabungan dari Pusat Studi Ilmu Kelautan (PSIK) yang berada di bawah pengelolaan Fakultas Perikanan IPB dan Program Pengelolaan Wilayah Pesisir yang saat itu masih dibawah koordinasi Pusat Penelitian Lingkungan Hidup Lembaga Penelitian IPB (PPLH LP IPB) berdasarkan Keputusan Rektor IPB No.080/Um/1996 tanggal 21 Agustus 1996. PSIK Fakultas Perikanan IPB yang terletak di Ancol Jakarta telah banyak dimanfaatkan untuk kegiatan penelitian oleh staf pengajar dan mahasiswa yang pengelolaannya telah ditetapkan dengan Keputusan Rektor Nomor : 106/C/1988 tanggal 30 September 1988.

Sejalan dengan perkembangan sektor perikanan saat itu, maka fungsi dan peranan laboratorium dikembangkan kegiatannya menjadi Pusat. Dalam rangka penataan organisasi IPB, maka pada tanggal 19 Nopember 2001, Pusat Kajian Sumberdaya Komoditi Laut LP IPB bergabung dengan PKSPL IPB menjadi Pusat Studi Pesisir dan Lautan Tropika (PSPLT) sesuai dengan SK Rektor IPB Nomor 184/K.13.12.1/OT/2001.

Berdasarkan hasil penataan pusat-pusat di lingkungan Lembaga Penelitian dan Pemberdayaan Masyarakat IPB, maka PSPLT kembali menjadi PKSPL sesuai dengan SK Rektor IPB Nomor 061/K13/OT/2005 tanggal 2 Juni 2005.

Visi PKSPL IPB adalah menjadikan PKSPL suatu lembaga dengan kemampuan, peran dan komitmen yang kuat dalam rangka mengembangkan pemanfaatan dan penguasaan wilayah pesisir dan lautan berbasis keberlanjutan dan kesejahteraan bagi seluruh masyarakat. Berdasarkan visi ini, maka seluruh staf dan manajemen berkeyakinan bahwa PKSPL IPB dapat menjadi lembaga pengkajian yang berkualitas, profesional, tangguh, bertanggung jawab dan berorientasi pada pembangunan yang berkelanjutan serta senantiasa mencari dan memberi yang terbaik bagi pihak-pihak yang terkait dengan pengelolaan wilayah pesisir dan lautan maupun dirinya sendiri. PKSPL IPB akan menjadi lembaga pembentuk model (trend setter) dan pusat unggulan dalam pengembangan pengkajian pembangunan wilayah pesisir dan lautan yang bermutu dan bertaraf internasional. Hal ini sejalan dengan visi PKSPL IPB.

Visi PKSPL IPB tersebut di atas akan menjadi sumber inspirasi yang berkembang di PKSPL IPB dalam melakukan perbaikan-perbaikan mulai dari pengembangan organisasi, sumberdaya manusia (SDM), prasarana dan sarana, program penelitian dan pelatihan serta pemberdayaan masyarakat. Sebagai bahan masukan yang berharga bagi perbaikan-perbaikan tersebut, PKSPL IPB secara berkala melakukan evaluasi diri.

Misi PKSPL IPB adalah:

1. Pengembangan ilmu dan teknologi dalam konteks pengembangan dan pengelolaan wilayah pesisir dan lautan.
2. Penerapan pengelolaan wilayah pesisir dan lautan secara terpadu berbasis prinsip-prinsip pengembangan berkelanjutan.
3. Pengembangan kapasitas komunitas pesisir termasuk pemerintahan, masyarakat dan sektor swasta.

Misi PKSPL IPB tersebut dapat dirumuskan dalam beberapa pernyataan sebagai berikut:

• PKSPL IPB merupakan salah satu lembaga penyelenggara program-program pengkajian di bidang pengelolaan sumberdaya wilayah pesisir dan lautan yang berkualitas, profesional, tangguh dan bertanggung jawab.
• PKSPL IPB senantiasa berorientasi pada mutu dan secara berkelanjutan mengembangkan diri.
• PKSPL IPB secara berkesinambungan mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang pengelolaan sumberdaya wilayah pesisir dan lautan secara berkelanjutan untuk kesejahteraan bangsa secara keseluruhan.
• PKSPL IPB mengembangkan konsep-konsep kebijakan dalam bidang pengelolaan sumberdaya wilayah pesisir dan lautan, serta mensosialisasikan hasil pengembangan konsep tersebut.
• PKSPL IPB mengembangkan dan melaksanakan berbagai kegiatan penunjang penelitian dan pelatihan, yaitu kegiatan pemberdayaan kelembagaan, swasta dan masyarakat pesisir.