PKSPL IPB merupakan penggabungan dari Pusat Studi Ilmu Kelautan (PSIK) yang berada di bawah pengelolaan Fakultas Perikanan IPB dan Program Pengelolaan Wilayah Pesisir yang saat itu masih dibawah koordinasi Pusat Penelitian Lingkungan Hidup Lembaga Penelitian IPB (PPLH LP IPB) berdasarkan Keputusan Rektor IPB No. 080/Um/1996 tanggal 21 Agustus 1996.
PSIK Fakultas Perikanan IPB yang terletak di Ancol Jakarta telah banyak dimanfaatkan untuk kegiatan penelitian oleh staf pengajar dan mahasiswa yang pengelolaannya telah ditetapkan dengan Keputusan Rektor Nomor: 106/C/1988 tanggal 30 September 1988. Sejalan dengan perkembangan sektor perikanan saat itu, maka fungsi dan peranan laboratorium dikembangkan kegiatannya menjadi Pusat.
Dalam rangka penataan organisasi IPB, maka pada tanggal 19 Nopember 2001, Pusat Kajian Sumberdaya Komoditi Laut LP IPB bergabung dengan PKSPL IPB menjadi Pusat Studi Pesisir dan Lautan Tropika (PSPLT) sesuai dengan SK Rektor IPB Nomor 184/K.13.12.1/OT/2001. Berdasarkan hasil penataan pusat-pusat di lingkungan Lembaga Penelitian dan Pemberdayaan Masyarakat IPB, maka PSPLT kembali menjadi PKSPL sesuai dengan SK Rektor IPB Nomor 061/K13/OT/2005 tanggal 2 Juni 2005.
Kampus IPB Baranangsiang 
